L'action commence hors du Japon, dans la base de Béthanie en Russie, où a lieu la première activation du prototype Eva-05. A son bord, une jeune pilote anglaise, Mari Makinami Illustrious, toute excitée de partir au combat. Car pour sa première montée dans l'Eva-05, il s'agit bien d'un combat réel contre le 3ème ange. Maintenu scellé pendant des mois au sein de la base, l'ange a fini par se libérer et tente de s'échapper. Avec une grande facilité, il rompt toutes les barrières de sécurité et semble chercher à atteindre un objectif inconnu. L'attitude de Mari est sidérante : chantonnant le sourire aux lèvres, elle part à la rencontre de l'ange, à bord d'une Eva-05 dépourvue de jambes mais propulsée par 4 roues et équipée d'une énorme foreuse. Face à elle, le 3ème ange qui a subi de nombreuses expériences n'est plus qu'un squelette, mais n'en est pas moins puissant. Il esquive l'attaque frontale de Mari et semble se diriger vers le point névralgique de la base. Mari s'élance à sa poursuite et parvient à le rattraper de justesse. Pris à la gorge, l'ange parvient à riposter en infligeant de terribles brulures à l'Eva-05 et son pilote. Dans un ultime effort titanesque, Mari se débarrasse de ses roues, de sa foreuse et concentre toutes ses forces pour briser la koa de l'ange. Elle y parvient juste avant de tomber à cours d'énergie ; elle active le système d'autodestruction de l'Eva-05 puis s'éjecte pour échapper à l'énorme déflagration. Blessée, épuisée mais victorieuse, elle salue le sacrifice de l'Eva-05.
Au Japon, Shinji et Gendo se retrouvent dans un cimetière aussi immense que triste, où reposent de nombreuses victimes du Second Impact. Ensemble, ils se recueillent sur la tombe de Yui Ikari, la mère de l'un et l'épouse de l'autre. Cela faisait 3 ans que Shinji et Gendo n'y étaient pas revenus ensemble. Agé de 4 ans lors de la disparition de Yui, Shinji n'a aucun souvenir de sa maman. Gendo lui révèle qu'il n'a rien gardé et qu'il n'y a pas dépouille à cet endroit. Il s'en va le premier. Le fait que Shinji lui dise qu'il a été heureux de ces quelques instants passés ensemble ne semble guère l'émouvoir.
Sur le chemin du retour, Misato tente d'arracher une parole à Shinji qui semble perdu dans ses pensées. Leur conversation est brutalement interrompue par un projectile qui manque de les écraser de justesse. Le 7ème ange est en approche et avance dans la baie de Sagami. Sorte de pendule géant perché sur 4 grandes échasses, il se fraie facilement un chemin à travers l'important dispositif de défense déployé. En un seul tir, il parvient à abattre plus de vingt navires de guerre. Avant que Misato ait pu donner la moindre instruction, l'Eva-02, aéroportée, est lâchée à la verticale de l'Ange. Dotée d'un équipement lui permettant de planer et de ralentir sa chute, l'Eva-02 dégage une impression de puissance et de maitrise impressionnante. En plein vol, elle esquive les tentatives de l'ange pour la frapper, récupère son fusil, et parvient à porter un coup décisif à l'ange qui semble s'effondrer. Mais il se reconstitue aussitôt. Lancée à pleine vitesse, l'Eva-02 utilise alors une dizaine de pieux pour déchirer l'AT-Field de l'ange, avant de percer sa koa de part en part. L'ange disparait dans une gigantesque explosion, tout cela avant que l'Eva-02 ne foule le sol japonais pour la première fois.
C'est ainsi que Shinji, Rei, Toji et Kensuke font la connaissance du capitaine Asuka Shikinami Langley, la seconde élue âgée de 14 ans, surdouée, diplômée d'université, et doté d'un talent au combat extraordinaire au combat. Doté d'un caractère bien trempé, elle annonce fièrement que l'Eva-02 est la véritable Evangelion de combat, la meilleure qui soit, avant de s'en prendre à Shinji qui n'a pas du tout l'étoffe d'un combattant à ses yeux, et lui témoigne déjà du mépris.
Pendant ce temps, un certain Ryoji Kaji livre aux commandants de la Nerv un objet précieux et top secret, qu'il a emmené loin de la base de Béthanie juste avant que le 3ème ange ne l'atteigne : la clé Nabuchondonosor, censée ouvrir la voie à la complémentarité de l'Homme. Ryoji se rend ensuite auprès de Ritsuko, qu'il n'a pas revu depuis longtemps, puis c'est une Misato rouge de colère qui débarque dans la pièce. Il se trouve que tous trois se connaissent depuis le lycée et que Ryoji et Misato ont eu une histoire ensemble. Cette dernière semble toujours lui en vouloir, à moins qu'il ne s'agisse de jalousie.
En se rentrant chez Misato, Shinji est stupéfait. Asuka a emménagé dans l'appartement de Misato et toutes ses affaires encombrent la moitié des pièces. La jeune pilote ne s'est même pas gênée pour lui prendre sa chambre. Heureusement que Misato arrive à temps pour calmer les ardeurs d'Asuka. Shinji restera à l'appartement de Misato, tout comme Asuka, pour les obliger à communiquer et mieux se connaitre, un élément qui pourra se révéler déterminant le jour où ils auront à combattre ensemble. Asuka découvre à son tour les charmes particuliers de la vie chez Misato, ainsi que la cohabitation avec Pen-Pen. Elle intègre également la classe de Shinji, Rei, Toji et Kensuke au lycée. Dotée d'un caractère très fort, Asuka ne s'intéresse à personne, et reste souvent à l'écart, à jouer à un jeu vidéo, ou à discuter avec sa poupée.
De leur côté, Gendo et Fuyutsuki ont eu la confirmation par Ryoji que la construction de l'Eva-06 était lancée par la Seele. A bord d'une navette spatiale, ils survolent la base lunaire de Taghba détenue par la Seele mais se voient refuser l'autorisation d'alunir. Ils peuvent néanmoins constater que la construction de l'Eva-06 n'a pas la même nature que les précédentes. La Seele semble vouloir suivre la partie secrète des Manuscrits de la Mer Morte qu'ils n'ont pas révélé à la Nerv. Mais cela n'impressionne pas Gendo, toujours décidé à suivre son propre scénario. Au moment de partir, ils sont saisis par une vision incroyable : un être à apparence humaine, un jeune garçon aux cheveux gris et au regard rouge écarlate est assis sur un des doigts de l'Eva-06, et les regarde en souriant. Sur le chemin du retour sur Terre, ils observent ensemble le Pôle Sud, où une abominable sorte de distorsion dimensionnelle a englouti et remplacé le continent Antarctique.
Répondant à une invitation de Ryoji, Shinji, Asuka et Rei, accompagnés de Toji, Kensuke et Pen-Pen visitent le centre japonais de recherches et de préservation de l'écosystème marin. Suite au Second Impact, les mers et océans de la Terre entière ont été définitivement ravagés. Les eaux sont devenues pourpres et impropres à la vie, provocant l'extinction brutale de tout l'écosystème marin. Le centre de recherches apparait donc comme un sanctuaire ayant préservé la vie subaquatique. Après un long processus de purification de l'eau, de nombreuses espèces marines ont pu être sauvées et se reproduire. La surprise est de taille pour Shinji et ses camarades qui n'avaient jusque là vu ces animaux que dans les livres. Après la visite et le délicieux repas préparé par Shinji, Ryoji le retrouve en tête-à-tête sur la passerelle séparant l'eau pure de l'eau souillée. Shinji n'avait encore jamais vu la couleur bleue de la mer ni ressenti l'odeur de l'iode. Il regrette l'absence de Misato, mais Ryoji lui révèle que Misato est probablement la personne vivante qui a vu le Second Impact de près. Elle a été sauvée de justesse par son père qui s'est sacrifié pour elle. Dès lors, son engagement au sein de la Nerv tient principalement de la vengeance envers les anges qui lui ont pris son père qu'elle a pourtant si souvent détesté.
Le 8ème ange est détecté dans l'espace, et s'approche de la Terre à grande vitesse. Les batteries de défenses spatiales envoyées dans l'espace pour le contrer sont impuissantes. L'ange fond droit sur Tokyo-III à la vitesse d'un météore. Hautement chargé en énergie destructrice, il est une gigantesque bombe qui rasera l'intégralité de Tokyo-III s'il touche le sol. Les Evangelions ne peuvent pas être envoyées dans l'espace, et un tir à cette distance est bien trop aléatoire. Seule aux commandes en l'absence de Gendo et Fuyutsuki, Misato élabore alors une stratégie de folie, dont les chances de réussite sont quasi-nulles : arrêter la chute de l'ange à mains nues avec les Evas grâce à la puissance de leurs AT-Fields. La réussite d'un tel plan tiendrait du miracle, mais Misato possède une foi inébranlable en ses pilotes. Effarés par une telle stratégie, Shinji, Asuka et Rei acceptent de s'y plier.
Déployées à différents endroits de Tokyo-III pour couvrir un maximum de périmètre, les 3 Evas s'élancent alors que l'ange apparait dans le ciel, semblable à une sorte de plante venimeuse pleine de couleurs et de lumières psychédéliques. Après un sprint hallucinant où l'Eva-01 franchit le mur du son, Shinji arrive le premier sous l'ange et déploie son AT-Field en pleine puissance. L'ange s'abat sur lui, mais stoppé net, il réagit. Une sorte de créature sort de son corps, empale et transperce les mains de l'Eva-01. Subissant les effets de la connexion nerveuse, Shinji hurle de douleur mais tient bon. Alors que l'Eva-01 commence à faiblir et que ses bras sont sur le point d'être broyés sous la pression titanesque de l'ange, Asuka surgit avec l'Eva-02 couteau en main, pour percer la koa de l'ange et le mettre hors d'état de nuire. Mais celle-ci est amovible, et bouge à une telle vitesse qu'Asuka ne parvient pas à l'atteindre. Rei jaillit à son tour avec l'Eva-00 et empoigne la koa brulante à pleines mains et parvient à l'immobiliser au prix de terribles brûlures alors qu'il reste moins de trente secondes d'énergie aux Evas. Asuka enfonce ses deux couteaux dans la koa de l'ange qui cède enfin. L'ange explose et une horrible vague de liquide rouge toxique déferle sur Tokyo-III, balayant les voitures, détruisant les lignes électriques, et emportant les immeubles dans une vision d'apocalypse. Les dégâts sont énormes, mais le commandant Ikari félicite tout de même Misato pour avoir vaincu l'ange. Il en profite également pour féliciter Shinji. Malgré son épuisement dû au combat surhumain qu'il vient de livrer, Shinji reste sans voix. C'est la première fois que son père le félicite.
Le soir même, à l'appartement de Misato, Asuka ne parvient pas à trouver le sommeil. Elle ne peut s'empêcher de repenser à ce dernier combat qu'elle n'aurait pas pu remporter seule. Elle finit par aller chercher un peu de réconfort en se couchant à côté de Shinji, tout surpris de la trouver là. Les deux adolescents discutent de leurs motivations à piloter l'Eva. Asuka ne pilote que pour elle-même et ne soucie guère du reste. Elle est tout étonnée d'apprendre que Shinji pilote pour obtenir la considération de son père, comme les félicitations qu'il vient de recevoir de sa part. Pour Shinji, c'est la première fois que son père lui parle ainsi, et cela lui a procuré une immense joie.
La vie essaie de reprendre un cours normal à Tokyo-III. Asuka, Shinji et Rei continuent d'aller au lycée. C'est maintenant Shinji qui a pris en charge la cuisine à l'appartement de Misato. Chaque jour, il concocte un délicieux repas pour Asuka, Misato, lui-même, ainsi que pour Rei, touchée par cette attention. Rei rate régulièrement les cours en ce moment, car elle effectue de mystérieux tests au fin fond du GéoFront, sous la surveillance étroite de Gendo. Au cours d'un repas avec lui, elle parvient à lui faire accepter une invitation à un diner qu'elle va préparer, et où Shinji , entre autres, sera invité. Ce même Shinji fait d'ailleurs une connaissance insolite alors qu'il s'était isolé sur le toit de son lycée. Parachutée d'on ne sait où, Mari le percute de plein fouet lors de son atterrissage. Sur lui, elle ressent immédiatement l'odeur du liquide LCL. Shinji ne s'est pas encore remis de cette rencontre incongrue que Mari s'éclipse déjà, aussi rapidement qu'elle était apparue. Le lendemain, Rei réapparait au lycée comme si de rien n'était. Shinji remarque que ses doigts sont couverts de pansements, mais Rei, un tantinet malicieuse, ne lui dévoile pas la raison de ses pansements. Misato soupçonne d'ailleurs du changement chez Rei, elle s'étonne de voir la première élue s'épanouir aussi rapidement en recevant son invitation. A son retour chez elle, Misato découvre Asuka en pleine cuisine. Amusée et taquine, elle rit de voir naitre cette petite rivalité entre Rei et Asuka pour plaire à Shinji.
Mais cette ambiance légère est vite troublée par une grave annonce. La base américaine qui abritait l'Eva-04 s'est subitement volatilisée. Pour une raison inconnue, son AT-Field s'est effondré, emportant toute la base dans sa disparition. L'Eva-04 faisait l'objet de nouveaux tests dont les références devaient ensuite servir à la construction des nouvelles générations d'Evangelions. Sa perte est une grave nouvelle. Les USA décident alors de confier l'Eva-03 au gouvernement du Japon et à la Nerv. Le traité du Vatican prévoit qu'un seul pays ne peut avoir plus de trois Evangelions actives pour lui seul. L'ordre est donné de sceller l'Eva-02, au grand dam d'Asuka. Excédée, la jeune pilote n'accepte pas les remarques que lui fait Rei lorsqu'elles prennent l'ascenseur ensemble. Asuka s'emporte au point de vouloir la gifler mais la première élue arrête son geste. Elle finit aussi par comprendre que Rei est probablement amoureuse de Shinji.
En attendant l'Eva-03, c'est le dummy-system qui est installé à bord de l'Eva-01, un mécanisme capable de générer un AT-Field sans requérir la présence d'un pilote à bord de l'Eva. Misato n'a pas du tout confiance en ce système et fait part de ses doutes à Ryoji. La jeune femme ne parvient pas à lui arracher des renseignements sur la face cachée de la Nerv, ses activités occultes et les véritables objectifs de la Seele. Il lui faut également choisir un pilote pour l'Eva-03, et c'est Asuka qui accepte d'accomplir cette tâche. L'Eva-03 est enfin livré au centre de Matsuhiro, l'installation annexe du GeoFront. Son premier test d'activation doit avoir lieu le même jour que le diner organisé par Rei. Ritsuko et Misato se rendent sur place pour superviser les débuts d'Asuka à bord de l'Eva-03, Asuka qui semble de plus en plus ouverte aux autres et moins solitaire.
La jeune pilote sent son cœur plus léger et sourit en montant à bord de l'Eva-03. Alors la première connexion nerveuse est établie avec succès, Asuka semble comme aspirée au plus profond de l'Eva-03. C'est un début de contamination mentale, l'Eva-03 devient hors de contrôle. Le signal d'éjection de l'entry-plug est refusé, et bien vite mais déjà trop tard, Misato et Ritsuko comprennent qu'un ange habite l'Eva-03. La seconde d'après, une explosion apocalyptique balaie le centre de Matsuhiro.
Au GeoFront, Gendo ordonne le déclenchement de l'alerte de niveau un, et prend directement le contrôle des opérations en l'absence de Misato. L'Eva-02 toujours scellée, et l'Eva-00 encore en réparation, seule l'Eva-01 est déployée. A son bord, Shinji est inquiet. Il n'en revient toujours pas de sa surprise et n'a pas de nouvelles de Misato et d'Asuka. Après une dernière vaine tentative d'éjecter l'entry-plug, Gendo décrète l'abandon de l'Eva-03, désormais désignée en tant que 9ème ange. A la lueur des derniers feux du soleil couchant, et sous un ciel qui a déjà pris un couleur rouge sang, lueur Shinji est abasourdi et pétrifié, il a compris qu'Asuka était prisonnière à bord de cette Eva-03 à la silhouette menaçante qui s'approche lentement de lui. Tel un fauve, l'Eva-03 se jette sauvagement sur lui avant de plaquer l'Eva-01 au sol et de commencer à l'étrangler. Shinji parvient à se dégager de son étreinte mais l'Eva-03 génère un seconde paire de bras et reprend la strangulation de plus belle. L'AT-Field de l'Eva-01 vacille et elle commence à être contaminée par le flux de l'ange. Il apparait clairement que Shinji refuse de se battre. Même s'il commence à suffoquer, il préfère se laisser faire plutôt que de faire du mal à Asuka.
Face à une telle attitude, Gendo prend une décision lourde de conséquence. La connexion est coupée entre l'Eva-01 et Shinji, aussitôt remplacé par le dummy system. Le système emprisonne Shinji aux commandes et lui masque la vue. La réaction de l'Eva-01 est hallucinante, elle reprend vie avec une force phénoménale, se dégage de l'étreinte de son ennemi, et étrangle à son tour l'Eva-03 avant de lui briser la nuque en moins d'une minute. Puis elle se met à lui arracher les membres et les viscères un par un avant de les éparpiller aux 4 coins de Tokyo-III et à la dévorer en partie. Le sang gicle de toutes parts, le spectacle est cauchemardesque et glace d'horreur tous les employés de la Nerv. Nul ne semble en mesure d'arrêter l'Eva-01 sous l'effet du dummy system, dont les yeux rouges révèlent une soif de carnage, et dont la force et la férocité semblent sans limites ; pas même les cris d'un Shinji impuissant, horrifié et hors de lui, s'acharnant sur des commandes qui ne répondent plus, et suppliant son père de mettre fin au massacre. Après de longues et insoutenables secondes, dans un spectacle à sa démesure et au paroxysme de l'horreur, l'Eva-01 se calme après avoir écrasé la plug de l'Eva-03 entre ses dents. Le hurlement d'horreur de Shinji à cet instant là est indescriptible.
Du côté de Matsuhiro, Misato a survécu à l'explosion et reprend connaissance. Elle est bien vite ramenée à la réalité lorsqu'elle apprend par Ryoji que l'Eva-03 a été anéantie par l'Eva-01. D'autant que la situation reste critique au GeoFront. Fou de colère après son père, Shinji a repris le contrôle de l'Eva-01. Juché au sommet des installations, il menace de détruire le quartier général de la Nerv. Gendo ne s'embarrasse pas de compassion, il fait augmenter la pression du liquide LCL au sein de l'entry-plug jusqu'à ce que Shinji s'évanouisse. L'Eva-01 s'effondre alors, tel un pantin désarticulé.
Le lendemain, Tokyo-III commence à panser ses plaies. Les restes de l'Eva-03 sont évacués, et il semble qu'Asuka ait malgré tout survécu. En attendant, elle est maintenue en quarantaine. On ignore le degré de contamination que l'ange lui a infligé, c'est pourquoi elle sera d'abord analysée avant d'être soignée. Son corps est devenu un échantillon précieux. Quant à Shinji, dès son réveil, il est conduit sans ménagement devant Gendo qui ne lui témoigne aucune clémence. Shinji affirme son intention de ne plus jamais piloter, et son père le renvoie sans arrière-pensées : le troisième élue n'existe plus. Les mots de Misato ne suffiront pas à le retenir, Shinji récupère ses affaires à son appartement et retourne chez son tuteur. Sur le chemin, son tramway est détourné vers un abri en raison d'un état d'urgence décrété par le gouvernement. Shinji a compris qu'il s'agissait d'un nouvel ange.
Le 10ème ange possède un pouvoir de destruction nettement supérieur à celui de ses prédécesseurs et une puissance dépassant l'entendement. En un seul tir, il a annihilé toutes les lignes de défenses militaires et percé toutes les couches de blindage protégeant le GeoFront, au point que des immeubles de Tokyo-III sont tombés au fin fond du GeoFront. Face au 10ème ange, c'est une guerre totale et désespérée qui est livrée. A la grande surprise de Misato, l'Eva-02 a été libérée de ses scellés et lancée sans autorisation. Elle soupçonne une manœuvre des Européens. C'est la mystérieuse et combative Mari qui monte au front à bord de l'Eva-02 pour intercepter l'ange. En parfaite harmonie avec une Evangelion qui n'est pas la sienne, elle réserve un accueil musclé à l'ange à coups de mitrailleuses. Mais l'ange affiche un AT-Field surpuissant qu'il peut démultiplier en plusieurs dizaines de couches et s'en servir comme arme offensive.
Après quelques dizaines de secondes d'un combat d'un niveau jamais atteint, Mari réalise qu'elle ne pourra pas vaincre l'ange ainsi. Elle active alors le mode secret The Beast, qui consiste à rejeter l'humanité de l'Evangelion. C'est toute la Nerv qui assiste à la métamorphose hallucinante de l'Eva-02 qui brise ses entraves et revient à l'état bestial. Mari subit également les effets de cette transformation, sa plug est descendue à une profondeur l'exposant à la contamination et ses yeux brille d'une lueur verte surréaliste. Avec une férocité monstrueuse, l'Eva-02 se ramasse sur ses 4 pattes et se rue sur l'ange qui la repousse à coups d'AT-Field. Mais l'Eva-02 parvient à briser cet AT-Field un par un et se rapproche. C'est alors que l'ange riposte en utilisant ses bandes qui se révèlent aussi affutées que des lames. Il sectionne le bras gauche de l'Eva-02 et lui tranche sévèrement le flanc droit. La fureur de Mari en est décuplée, et elle se jette sur lui de façon kamikaze. Mais l'ange la crucifie à nouveau. Rei surgit alors à bord d'une Eva-00 encore en réparation et affaiblie. Armée d'un missile N2, la première élue tente une attaque suicide pour éliminer l'ange, mais ne parvient pas à percer l'AT-Field de l'ange. Il lui faut tout le courage désespéré de la dernière chance de Mari pour l'aider à franchir l'AT-Field et plaquer le missile N2 sur la koa de l'ange. Mais celui-ci la protège au dernier moment, avant qu'une déflagration d'une violence inouïe ne transforme le GeoFront en véritable champ de ruines. Mais cela n'a servi à rien, l'ange est indemne et se tient face à une Eva-00 désarmée.
Projetée au loin par la déflagration, l'Eva-02 s'écrase en partie sur l'abri où Shinji a trouvé refuge. Mari le reconnait et se demande pourquoi il ne pilote pas avant de lui montrer l'étendue des dégâts. Même dans ses pires cauchemars, Shinji n'a rien vu de tel, et l'horreur atteint son apogée lorsqu'il voit le 10ème ange déployer une immense gueule et gober littéralement l'Eva-00 avant d'en recracher la tête. L'ange fusionne avec l'Eva-00 et son corps prend l'allure d'un corps humain. A cette vue, Mari conseille à Shinji de fuir, mais sa décision est prise, il se rue vers le quartier général de la Nerv où règne une panique indescriptible. L'ange poursuit sa progression, et le centre de commandes est désormais exposé. A l'intérieur, toutes les tentatives pour activer l'Eva-01 avec le dummy-system ont échoué. Gendo ne comprend pas pourquoi l'Eva-01s'oppose à lui et s'adresse à elle en l'appelant Yui. C'est alors que Shinji apparait en le suppliant de piloter. Malgré son essoufflement, il affirme sa personnalité avec courage devant son père surpris. Alors que le 10ème ange envahit le quartier général et pénètre le centre de commandes où se trouve Misato, l'Eva-01 traverse le mur et se jette sur lui. Pilotée par un Shinji pris d'une fureur meurtrière et impitoyable, elle inflige une terrible riposte à l'ange, qui parvient à lui arracher un bras, avant de le projeter à l'extérieur.
L'Eva-01 prend le dessus, et Shinji commence à s'en prendre à la koa de l'ange, mais il tombe à cours d'énergie. L'ange en profite pour l'empaler comme il l'a fait. Mais à l'intérieur de la plug, deux yeux rouges de colère s'allument dans le noir. L'Eva-01 reprend vie miraculeusement, ses yeux et une partie de son corps se mettent à briller d'une couleur rouge effrayante. Elle se met à reconstituer son bras coupé, puis à générer un AT-Field surpuissant que l'ange ne parvient pas à franchir, avant de l'abattre avec une facilité incroyable. Une auréole apparait au-dessus de l'Eva-01, symbole qu'elle a quitté le domaine de l'humanité pour se rapprocher du divin. La plug est descendu si profond que le taux de synchronisation de Shinji avec l'Eva-01 atteint des valeurs inégalées. Alors que Ritsuko s'inquiète qu'il ne puisse plus revenir à l'état humain, Misato l'exhorte à se battre pour lui et lui seul. Shinji est dans un état second, sa seule obsession est de libérer Rei du corps de l'ange qui la retient prisonnière. Il achève l'ange avant de sonder sa koa à la recherche de Rei.
C'est alors que l'auréole au-dessus de la tête de l'Eva-01 se transforme en de multiples cercles concentriques. L'Eva-01 accède au domaine du divin, sa koa est mise à jour, et ses entraves cèdent, alors qu'elle s'élève dans les airs. Retournant à sa forme d'origine, l'Eva-01 vient d'ouvrir la voie à la complémentarité entre la terre, le ciel et tous les êtres vivants. D'après Gendo, cet éveil de l'Eva-01 grâce à Shinji et Rei était prévu dans son scénario. Alors que l'Eva-01 s'est métamorphosé en un gigantesque être de lumière devenue une nouvelle forme de vie concentrant tout autour d'elle, Ritsuko affirme que le Third Impact a commencé.
Brutalement, une mystérieuse lance descendue du ciel à une vitesse vertigineuse vient se planter sur l'Eva-01 qui redevient normale. Toute la force du Near Third Impact a subitement disparu. Descendue tout droit de la lune avec à son bord le mystérieux pilote au regard rouge écarlate et aux cheveux gris, l'Eva-06 met un terme brutal à l'éveil de l'Eva-01.